Se você quiser que uma determinada nota fiscal, não importa se de entrada ou de saída, não seja contabilizada, você deverá configurar o CFOP utilizado na nota para que ele não integre a contabilidade.
No cadastro de CFOP´s ( Natureza de Operação Fiscal ) existe a aba de integrações onde são configuradas todas as integrações que o CFOP executará, sendo a integração contábil uma delas.
Você deverá então, entrar em Fiscal / Livros Fiscais / Cadastros / CFOP´s / Cadastro de Natureza de Operação Fiscal.
Na tela de Cadastro de Natureza de Operação Fiscal, localize o CFOP desejado, sendo que, selecionando um CFOP de saída, você estará configurando a nota fiscal de saída, selecionando um CFOP de entrada, você estará configurando a integração de uma nota fiscal de entrada.
Após selecionar o CFOP, vá a aba Integrações e desmarque o campo Integra Contábil.
Salve o CFOP, desta forma as notas fiscais que utilizarem o CFOP selecionado e reconfigurado, não mais integrarão a contabilidade.